Los orígenes formales de la Facultad de Ciencias se remontan al siglo XVII, cuando se fundaron la Escuela de Bellas Artes y el Real Colegio de Minería en lo que entonces fuera la Nueva España. Sin embargo, desde la fundación de la colonia tras la caída de México-Tenochtitlan el interés por los temas científicos que se desarrollaban en Europa existía en algunos particulares novohispanos; estos satisfacían su interés de manera individual.
Así mismo, el conocimiento científico en el territorio mexicano excede en antigüedad a la fundación de la Real y Pontificia Universidad de México; los avances en el terreno de las matemáticas y la biología fueron copiosos en las culturas mesoamericanas, aunque poco se ha logrado rescatar por diversos historiadores, resaltan los hechos por la cultura maya en astronomía y en matemáticas con la invención del cero.7 En el caso particular de la biología en Mesoamérica, se tiene certeza de la existencia de jardines botánicos y jardines zoológicos construidos en México-Tenochtitlan y Texcoco.
Con la fundación del Real Colegio de Minería en la Ciudad de México en el siglo XVII, inició la educación formal de cálculo diferencial e integral, mecánica de Newton y química.8 El colegio fue la primera casa formal de la ciencia en lo que años después sería México.